Het Panamakanaal is ongeveer tachtig kilometer lang en telt drie sets sluizen, een aan de Atlantische kant en twee aan de kant van de Stille Oceaan. Via deze sluizen moeten schepen een hoogteverschil van 26 meter boven zeeniveau overwinnen om naar de andere oceaan te kunnen komen. Het water stijgt en zakt in de sluizen met behulp van een ingenieus systeem dat gebruik maakt van zwaartekracht. Er komt geen pomp aan te pas.
Hoewel het kanaal twee oceanen met zout zeewater verbindt, is het water in het kanaal zelf zoet. Dit is mede van belang om het water van de beide oceanen en daarmee het dieren- en plantenleven gescheiden te houden. Een grotendeels aangelegd meer, Gatun, vervult de rol van bassin. Regenwater en water uit het omliggende regenwoud wordt erin verzameld om vervolgens naar de sluizen te vloeien. Per keer verbruikt een sluis bijna tweehonderd miljoen liter water.